De sa source, sur le flanc méridional du mont Aigoual, à son embouchure, à l'aval d'Agde, le fleuve Hérault traverse une riche palette de paysages et de milieux, sur à peine 150 kilomètres.
Dégringolant les reliefs escarpés de l'Aigoual, il court sur les granits et les schistes, se faufile ensuite dans ses gorges somptueuses bordées de hautes falaises calcaires, puis coule paisiblement dans la plaine viticole avant de se jeter dans la Méditerranée à l'aval d'Agde. La diversité animale de ses eaux est à l'image de son cheminement.
La truite commune et le vairon du Languedoc frétillent dans les eaux fraîches et bien oxygénées du haut Hérault, où la loutre d'Europe a fait un très timide retour. Dans les gorges, où des zones de courant succèdent à des secteurs calmes, la vie se diversifie. Les barbeaux fluviatiles forment parfois de véritables tapis dans les eaux courantes, où évoluent aussi les goujons, les perches communes, les chevaines ou les blageons. Les coins plus calmes, où s'épanouissent de beaux herbiers, sont le domaine des ablettes, des carpes et des brochets. C'est aussi dans les gorges, à l'aval du splendide village médiéval de Saint-Guilhem-le-Désert qu'un insolite locataire, le crabe d'eau douce, a élu domicile.
Mais c'est dans la plaine que la vie aquatique est la plus diversifiée. La pente plus faible du fleuve, son lit plus large, son cours plus lent, ses eaux plus profondes et plus chaudes, sont tout autant de conditions propices au développement d'une multitude d'espèces. Au total, pas moins d'une vingtaine d'espèces de poissons sont recensés dans cette partie de l'Hérault. Si les carnassiers (brochets, sandres, silures, black-bass) ou les carpes sont les plus prisés par les pêcheurs, les ablettes, les brèmes, les perches soleil, les tanches, les carassins, les chevaines, les gardons ou les anguilles sont aussi bien représentés. D'autres animaux se rencontrent également dans cette partie du fleuve, comme les corbicules, mullusques bivalves aux allures de palourdes qui jonchent les fonds, les anodontes, grosses moules d'eau douce ou la caridine, unique crevette de rivière, qui se cache dans les herbiers de plantes aquatiques.
Enfin, trois espèces grandes migratrices, l'anguille européenne, l'alose feinte du Rhône et la lamproie, fréquentent les eaux de l'Hérault.
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